東吳大學於大陸時期即設有會計學系，1951年在臺復校時，初設商學會計科，1954年正式更名為會計學系，為國內創辦最早的會計學系。1973年成立會計學研究所，為國內最早設立的會計學研究所之一，並在1994年配合教育部系所合一政策，正式更名為東吳大學會計學系碩士班。1999年為配合政府終身學習政策，提供會計實務界高階主管的進修管道，特成立碩士在職專班。現今學士班每年招收四班，在校生逾千人，歷屆畢業系友已逾萬人；碩士班與碩士在職專班，在校生百餘人，歷屆畢業已獲碩士學位者，已逾千人，堪稱國內歷史最悠久，造就會計人才最多之會計學府。
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