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 1871年至1901年
 十九世紀中葉以後,清廷不敵英法俄日等國侵略,被迫簽下數紙不平等條約。戰事連連潰敗使政府及百姓喪失了信心,社會呼籲改革及學習列強之長的聲浪日增。在這樣的時代背景下,美國基督教會來到中國興辦教育事業。監理會(The Methodist Episcopal Church, South)是美國基督教重要差會之一,1846年成立,本部設於田納西州。1879年起該會先後在蘇州創辦博習書院(Buffington Institute)、宮巷書院(Kung Hang School) ,在上海創辦中西書院(Anglo-Chinese College)
1900年決議合併三書院,以宮巷書院為基礎,在蘇州天賜莊博習書院舊址,擴建為大學。1900年12月制定校董會章程,推林樂知(Young J. Allen)先生(萬國公報創辦人)為董事長、孫樂文先生(David L. Anderson)為校長。二十世紀初中國第一所民辦大學東吳大學正式誕生。
創始

 1901年至1926年
 東吳大學創辦初期之二十六年,歷經三位美籍校長孫樂文(David L. Anderson)、葛賚恩(John W. Cline)及文乃史(W. B. Nance)。這個時期的辦學經費主要來自於捐款及學費。校園內的教學大樓林堂、孫堂及葛堂及教職學生宿舍等設施陸續興建完成,校園規模日趨完整。學科發展包括文、理、醫學、神學及法科(在上海崑山路),另有四所附中、二十所附小、惠寒小學、吳語學校等組成完整的東吳教育體系。各學科除在學術研究上表現突出,更為社會培養無數專業人才。學校以「Unto a Full-grown Man」為校訓強調學生人格的陶冶。
五四運動期間,東吳學生籌組學生會,一般的學生社團則以學術研究、辯論及體育活動為主。東吳大學早期在三位校長的努力下,為日後校務發展奠定良好的基礎。 奠基

 1926年至1937年
 五四運動激發了中國知識份子的愛國熱情,為順應中國社會的潮流,東吳大學逐步進行中國化的過程。1926年首先廢除宗教必修課程,禮拜儀式亦改為學生自由參加。繼而改組校董會,三分之二的成員改由中國人擔任。1927年楊永清先生當選首任中國籍校長,訂「養天地正氣 法古今完人」為中文校訓;1929年南京國民政府正式核准東吳大學在國民政府註冊立案。
此後十年各項校務發展成果豐碩令人矚目。1930年時學校共有文、理及法三學院,十二個學系。在教學方面積極籌款推動學術研究、加強師資陣容提昇教學品質、推動師生以其專業服務社會。校園內主要建築設施均在此階段建成或動工。1930年學生人數達755人為全國基督教大學之冠。 生根

 1937年至1952年
 1937年爆發抗日戰爭,此後八年東吳大學蘇州上海兩校區受戰事影響,輾轉遷徙各地。其間隨戰況發展演變,兩校區或各自遷校或與他校聯合辦學,雖烽火連天但教學活動未曾稍息。直至1945年抗戰勝利,東吳大學師生紛紛自各地返回上海及蘇州校園,展開復校的艱鉅工作。1952中共進行院系調整,東吳大學在上海的法學院,併入華東政法學院,會計系併入上海財經學院;在蘇州的文理學院部份學系就地移交蘇南師範學院,1952年12月蘇南師範學院改名江蘇師範學院。1982年,江蘇師範學院改制為蘇州大學。
顛沛

 1951年至1961年
 1949年秋大陸易幟,國民政府遷台。東吳大學在台校友倡議復校,1951年籌組董事會,於台北市漢口街借屋設東吳補習學校,設法政、商業、會計及英文四科。1954年教育部以東吳補習學校辦學績效卓著,核准先行成立東吳大學恢復法學院,設法律、政治、經濟、會計四系並附設外國語文學系,為台灣第一所私立大學。1957年購得士林外雙溪土地七甲加上士林鎮公所贈與之土地共十五甲,此時石超庸校友接任院長,積極推動建校事宜。
兩年內完成第一棟教學大樓(寵惠堂)及學生活動中心。1961年全校由台北市漢口街遷到外雙溪現址。至此東吳師生終於有了一個屬於自己的美麗校園。在台復校的過程艱辛坎坷,衛理公會及美國基督教高等教育聯合會未予支持,物質條件極其窘困。但在董事會苦心奔走,海內外校友及教會熱誠捐助下,東吳依然堅守嚴謹校風踏實辦學,為東吳學子樹立了良好的典範。 復校

 1961年至1983年
 遷入外雙溪校區後的二十年,是東吳大學在台復校後的關鍵成長期。歷經石超庸(任期1957~1968)、桂崇基(任期1968~1969)及端木愷(任期1969~1983)三任校長。石校長任內全心致力教學水準的提昇,學生成績採嚴格的淘汰率,為學校奠立穩定的根基。1969年教育部終於核准東吳大學恢復大學建制。
端木校長接任後則積極開創發展,任內增設十二個學系、七個研究所、三個博士班,圖書館、哲生樓、音樂館及教師研究大樓等校舍相繼建成,又在台北市貴陽街設城區部,並興建兩棟教學大樓。教學設施日趨完善,校區規模已然成型。愛校的熱情凝聚了董事會、全體師生及校友,東吳人憑藉著堅強的毅力走過慘澹歲月,培育英才無數,締造了辦學佳績,也贏得社會的認同與支持。 成長

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 此時期東吳大學發展為兩個校區,外雙溪校區位於文化風景區,安置文、外語及理三學院;城中校區位於政經文化中心,安置法、商兩學院及推廣部。兩校區統合運作,各有特色。楊其銑(19831992)、章孝慈(19921995)及劉源俊(19962004)三任校長陸續增購校地、興建校舍、解決與台北市政府的校地爭議,並致力於提昇學術研究能力、拓展與國際及大陸的學術交流、推行校務運作制度化、與社區建立良好互動關係,此時國內各地校友會、系友會及校友總會亦相繼成立,2000年東吳與同源的蘇州大學同慶建校一百年。20048月,劉兆玄博士接任校長,將東吳定位為「一流的教學大學」,而本校亦自2005年起,連續四年均獲教育部「教學卓越計畫」億元以上獎補助,教學成果備受各界肯定。
蛻變

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20083月,外雙溪校區第一、第二教研大樓落成啟用。10月,黃鎮台博士接任校長,提出「舒適安全的校園空間」、「自尊尊人的處事態度」,及「互惠的整合型計畫」等軟硬體提升方案,期培育具領導知能之社會中堅人才。2010年東吳大學建校110年,面對新世紀的下一個10年,本校將秉持優良的傳統,在發展成為一流大學的道路上,站穩腳步、再創高峰。