培育手腦並用、思維清晰的人才。
大學部於生命科學的通才教育基礎下，以微生物為主軸，培養具有拓展生命科學各專業領域發展潛力的科技人才。
碩士班以建立獨立思考、解決問題及開創生物科技研究能力為目標。
博士班朝向環境暨生物科技方向發展，培育生物科學專業人才。
東吳大學在大陸時期原有生物學系，斐聲國際，並且造就不少人才。民國四十三年東吳大學在臺復校，並於五十九年恢復成立理學院。民國六十八年由當時理學院院長劉源俊教授建議改成立微生物學系，並正式向教育部申請。教育部於民國六十九年元月廿九日正式核准成立微生物學系，並於同年六十九學年度開始招生。東吳大學於民國六十九年二月十三日聘請劉源俊教授負責籌備工作，包括教師的聘用、教學器材的採購等。於是第一年就在鍾金湯教授兼系主任、曾惠中副教授和宋宏紅助教的組合和共同努力下，成為國內唯一在大學部提供完整微生物教學的學系。前七年在第一任系主任鍾金湯教授的領導與規劃下，微生物學系課程編排已頗上軌道、儀器設備也稍具規模。同時逐年聘請許多優秀的專兼任教師，提高教學水準，並使研究工作也能順利進行。
本系為朝教學日臻完善、研究日益活躍的方向邁進，在鍾金湯主任、趙維良主任先後推動及全系教師配合之下，於七十七年正式經教育部核准成立研究所碩士班，且於同年開始招收學生，更為有志於從事微生物研究之學子提供進修的機會。本系自成立碩士班後，便採系所整體運作方式，在趙主任的領導及配合學校的發展下，這段期間增聘了多位優良教師，研究生與學生實驗空間也有妥適的擴充。後經學校統一規定，八十四學年度起系所採取合一的編制，更有利於資源之運用。九十一學年度起開始籌備及申請成立博士班，歷經數年的籌備及努力，於九十三學年度獲教育部核准正式成立博士班，自九十四學年度開始招生，博士班的研究特色將朝向環境生物科技方向發展，特別是應用現代生物研究技術於本領域的研究。
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